Ha trabajado en el Observatorio de Políticas Públicas POLIS de la Universidad Icesi y el Banco de la República de Colombia. Sus principales áreas de interés son la estadística bayesiana, la teoría de muestreo, econometría aplicada, el análisis de series de tiempo y el análisis multivariado.

Margarita ha trabajado como asistente en investigación e investigadora de CERAC.