Durante su trayectoria en CERAC participó en diferentes proyectos de las líneas de investigación de violencia armada y desarrollo y, análisis de conflictos y violencia política. Trabajó en investigaciones relacionadas a procesos de DDR, incidencia de restricciones al porte de armas en la violencia, administración de la justicia, delincuencia femenina, entre otros, e investigaciones referentes a la economía política del conflicto y la violencia política en Colombia.

Entre sus áreas de interés se destaca el crecimiento económico, el análisis económico de conflictos, mecanismos de evaluación de impacto, la economía política y el mercado laboral colombiano.

Manuel es becario del programa de Jóvenes Investigadores "Virginia Gutiérrez de Pineda" de Colciencias.