Katherine Aguirre realizó una pasantía en el Departamento de Investigación Económica del Banco de la República y también en el Departamento Nacional de Estadística (DANE), donde trabajó en la Encuesta sobre Victimización en Colombia del 2003. Sus intereses en investigación incluyen las economías regionales y urbanas. En CERAC, aplica métodos epidemiológicos y demográficos en el análisis de conflictos y crímenes violentos. Es también coordinadora de la página web www.dotec-colombia.org donde se pueden consultar documentos de economía.